蒙宋之战让贾似道更加明白了军队对政权的核心保障作用，朝政初稳后，贾似道便将手伸向了军队。因战时边防事务繁多，朝廷允许武将们在战时自辟财源，便宜从事，在制度上亦缺乏对军费的严格管理和监督，故而大多数将帅难免会擅支军费。而当时军风腐败，军中主帅盘剥下属异常普遍，将士为了升迁而贿赂上司更是司空见惯。贾似道针对将帅贪污、擅用军费，借节省兵费、缓解财政危机之机，欲通过清算军费打击、排斥军中异己。很快，这场清算战时军费的运动，便发展成为贾似道向军中上层将领搜刮钱财的工具和排斥异己、陷害将帅的军权争夺斗争。

    湖南制置副使兼潭州知府向士璧数立奇功，贾似道记恨他在合州之围时不听调令，指使监察御史陈寅、侍御史孙附凤一再地弹劾他侵盗掩匿军费，命人核查向士璧守城时所花费的钱粮，最终遭免职贬到漳州，开罪而死。向士璧死后，贾似道命人拘捕他的妻妾，责令他们代为偿还。另外，还害死了曹世雄、杜庶，斥逐了赵葵、徐敏子、史岩之、李曾伯、谢枋得等一批能征善战的将帅，因忌钓鱼城守将王坚战功卓著，将王坚调回临安，对于朝廷来说无疑是自撤屏藩、自毁长城。

    而其中，影响最大的是颇富军事才能的将领刘整被逼投降蒙古。刘整出生在金国统治下的邓州穰城，金末天下大乱，投奔宋朝，起初在抗金名将赵方麾下，善骑射，素以沉毅有智谋出名。哪怕一只杂牌军，不出两三年工夫，他也可以训练出一支精锐之师出来。赵方临死之前，特意嘱咐儿子赵葵：“刘整才气横溢，汝辈不能用，宜杀之，勿留为异日患。”但赵葵不以为然，并未听从。赵方死后，刘整跟随一代名将孟珙。攻打金朝占领的信阳时，刘整任前锋，在一天夜里派出骁勇战士十二人，渡过城河登上城墙，发动突然袭击，活捉了守城的将领，派人向孟珙告捷。孟珙大为吃惊，五代时后唐李存孝率领十八名骑兵攻克洛阳，已是奇迹，而今刘整仅率十二死士竟能占领信阳，便在刘整军中的旗帜上写上“赛存孝”三字。后刘整获多次提升，直至任潼川十五军州安抚使，知泸州军州事。

    然而刘整是北方人，受到南方诸将领的猜忌和打压，尤以吕文德为甚，凡是刘整献上的计策，往往加以阻扰，而立了功也不上报。在蒙古大军攻打四川时，镇守嘉定（今四川乐山）的俞兴遭到蒙军围困，刘整率军前去成功解救。事后，妒贤嫉能的俞兴非但没有亲自迎送，也没去刘整军中犒劳，而只是让部下带了一些羊酒送过去，由此与刘整产生嫌隙。随后，刘整在泸州大败蒙军，宋理宗称赞他“泸州之捷甚伟”，使俞兴更加嫉妒。而此时，吕文德却便擢升俞兴为四川制置使担任刘整的上级官员，造成双方矛盾随时可能激化。

    贾似道下令开始清算战时军费后，俞兴第一个清算的就是刘整，并传出刘整私吞军费的烟雾弹，这让战功卓著的刘整异常恼怒，同时也充满恐惧。这日，俞兴借口商议军事召见刘整，刘整心知不妙，就没有去参与，一边赶紧派人连夜赶赴临安寻求天子庇护，却连皇帝的面都没有见到。于是，俞兴就罗织罪状，诬陷刘整。看到向士璧、曹世雄这些名将被逼死后，走上绝路的刘整暗中与蒙古联络，后以一支精悍水师、泸州及所属十五郡三十万户，归降蒙古。刘整降元，立刻被忽必烈委以重任，授夔府行省，兼任安抚使，赐金虎符。刘整的一些老部下和其他部分将领也对朝廷失去了信心，带兵投奔刘整，汇入反宋阵营。

    刘整的投降给南宋带来的影响是致命的，在此之前，宋朝已经苦苦支撑了近三十年。但在刘整投降之后，一切完全改变了。刘整深知宋朝的弱点以及蒙古军队的失误，蒙古对宋朝的进攻，西路重点进攻四川，东路主要在安徽，双方一直僵持不下。如能攻下襄阳，就撕开了南宋横向千里的防线，直取临安，便向忽必烈进言：“宋廷主弱臣悖，立国一隅。无襄则无淮，无淮则江南唾手可下，先攻襄阳，撤其扞蔽，如得襄樊、鄂州，江南可平。今，天启统一海内之机，臣愿效犬马劳。”忽必烈大加称赞。但此时，溃败远遁的阿里不哥元气稍有恢复，便又举兵东来。

    阿里不哥先遣使向忽必烈伪称率众来归，从而使哈拉和林疏于防备，一举偷袭成功。守将移相哥大军溃散，和林城再次失守。忽必烈大怒，亲率诸路汉军与蒙古诸王所部再度北征，阿里不哥分军迎战，其右翼被击败，左、中两翼与忽必烈军鏖战至夜仍不分胜负。自此双方引军后退，两军相峙，形同水火。

    连年征战，所费奢靡，王文统原为益都世侯李璮幕僚，因善理财之道，被忽必烈擢升为平章政事，所有差派、印制交钞及征收盐铁税等事，均交由王文统等人处理。王文统好权谋，善以言词动人，且为人刻薄善妒，先是构陷素以安国利民为己任的左丞张文谦，张文谦终离开中书省。姚枢、窦默、许衡等谋臣一直是忽必烈颇为信任的人，王文统表面上很尊重他们，私下却多次暗示忽必烈任命姚枢为太子太师，任命窦默为太子太傅，任命许衡为太子太保，其实是不想他们朝夕作为顾问在忽必烈左右，而将三人置于无实权的尊崇地位。姚枢曾进言忽必烈：“王文统学术不正，必祸乱天下，不可把他安插于相位之上。”忽必烈反问：“真若如此，谁可为相？”姚枢回道：“许衡堪当。”忽必烈认为许衡不懂财政事务，此议就作罢了。

    李璮是金末山东军阀李全之子，李全死后，世袭为益都行省，蓄养精兵七、八万，到境外以高价收购军马，拥兵自重。李璮早有反叛蒙古之心，王文统向其献计：每年向上报告边境将士的功劳，夸大宋军实力，借以巩固自己的地位。李璮听从其计，并将自己的儿子李彦简拜王文统为师，王文统则把自己的女儿嫁给李璮。李璮用官府的财物行私人恩惠，取得涟、海二郡，又趁蒙古大军攻打宋朝之际，积极加固益都城防，储存粮草，截留盐税。随后，李璮利用忽必烈、阿里不哥兄弟争夺汗位之机，以御宋为名，擅自发兵修缮城防，以砖石筑墙，外掘深堑，进一步巩固割据山东东路的地位，甚至在北方各路通用中统会钞时，益都行省却使用宋朝发行的涟州会子。忽必烈亲征漠北无暇南顾，对宋朝采取遣使修好的慎重策略，不想挑起边境争端，但李璮却在淮边潜师侵宋，极力制造矛盾，挑起两国边境战事。姚枢等人再次向忽必烈进言，谓李璮必反。但由于当时漠北未靖，中原守备空虚，忽必烈只好对他专用安抚、姑息之策，表面上不动声色。

    临安西湖北岸，因晋朝道仙抱朴子葛洪晚年于此结庐隐修，参道炼丹，而得名葛岭。葛洪的抱朴道院原址位于西南山腰间，后高宗将此处辟为御花园，名集芳园。鄂州之战后，宋理宗将此处赐给贾似道为其私人府邸。此处距凤凰山下的皇宫颇有些距离，理宗便特准贾似道居府理政，以便提高批办效率。于是，贾似道在葛岭大兴土木，拓建集芳园，盖起了飞楼层台、华妙绝伦的宰相府，犹嫌不足，还在这抱朴庐旧址上建起了半闲堂和红梅阁，自号半闲老人。半闲堂建筑风格独特，装饰典雅，设置考究，内藏娼妓、尼姑、旧宫女数十，日夜喝酒**。贾似道喜欢吃湖州苕溪的鳊鱼，为此专门建鱼塘养了上千尾鳊鱼，有三条船穿梭往来，递运不绝。

    这日，贾似道正趴在地上与一群女子斗蟋蟀，老仆贾伯悄声走到他身后，在他耳边耳语了一番。贾似道顿时没了兴致，冷声说道：“传至偏厅。”过了多时，贾似道缓步走入偏厅，一个宋民装扮的人躬身施礼道：“益都行省李璮李大人特派遣末将连夜送信与右相。”说着从怀里掏出一封带有火契印的书信双手呈上，贾似道面色凝重地拆开信函，看完后，半晌不语，“嗯”了一声后，贾伯便将来人带了下去。如此机要之事，贾似道也只能赶紧上凑理宗。宋理宗认为此事真伪难辨，便回函要求李璮献出涟、海二郡，以示诚信。后李璮致书再三保证，并将涟、海诸城交由宋廷接管。

    三日后，李璮下令尽杀益都境内蒙古戍军，宣布以涟、海等城献于宋廷，公开称叛。

    忽必烈立即召谋臣姚枢预测李璮动向。姚枢回道：“李璮举事有三策可供选择：乘陛下北征之机，濒海捣燕，闭守居庸关，以震骇人心，此为上策；与宋联合，负固持久，数扰边境，使我军罢于奔救，此为中策；如出兵济南，待其余诸侯应援，必被擒，此为下策。”忽必烈追问道：“今叛贼将采用何种策略？”姚枢断然回答：“据守居庸关李璮无此胆魄，宋廷实难取信，必出下策。”忽必烈遂召诸路蒙、汉军平叛，任命张弘范为行军总管。史枢、阿术等败李璮部将，逼迫李璮退守济南，命济南万户张宏、归德万户邸浃等部主力会师于滨（今山东滨县），切断李璮之子李南山与山东的联系，又命大世侯史天泽率军剿灭叛匪李璮。

    忽必烈想起曾与贾似道签订的和约，为了施压宋廷，以切断李璮与宋廷的联合，便派翰林院侍读学士郝经带人出使，要求面见宋理宗履行和约。王文统私下指使李璮侵扰宋境，企图假宋之手除掉郝经带领的使团。贾似道害怕私下和议冒功鄂州退敌的劣迹败露，郝经一行刚入宋境，贾似道便密令淮东制置司以李璮兴兵犯境为借口，把郝经一行拘禁于真州（今江苏仪征），从此身陷囹圄长达十六年之久。张弘范闻听老师郝经被宋扣押，便上奏忽必烈请求带精兵施救，忽必烈直接予以拒绝。

    接管涟、海二郡后，宋理宗下诏封李璮为保信宁武军节度使、督视京东河北等路军马，并命两淮边军乘李璮之乱，在滕（今山东滕县）、徐（今江苏徐州）、邳（今江苏邳县）、宿（今安徽宿县）等边境一线频频出击骚扰，但却并不深入进攻。李璮也就无法领兵南移，与宋军腹背相倚。而李璮起兵前曾与其他世侯有所联络，满以为这些对蒙古统治同样心怀不满的军阀会积极响应，结果却应者寥寥。李璮只好返益都，进据屯兵济南，却被元军团团围住达两月之久。正如姚枢所料，李璮并没有奔袭燕京，拒元北征之师于居庸关外，乘中原人心未定，以乱求变的胆魄，他采取的恰恰是姚枢所说的“下策”，即出兵济南，坐待诸侯应援。

    史天泽包围济南城后，筑长围，树林栅，以防李璮率军突围。其间，宋军曾由海路北上，进攻沧、滨等州，或有接应李璮的意图，但为时已晚。除济南、益都等大城池外，山东东路大部均被蒙古军占领。被围四个月后，城中粮尽，李璮手刃爱妾，投大明湖自杀未遂，被擒。史天泽担心李璮暴露北方世侯间私下窥测时局、指摘朝政的隐私，

    一反慎密谦退的稳健作风，在军前擅命将李璮斩首。

    李璮叛乱，牵涉到诸多被忽必烈委以文、武要职的汉人亲信。中书平章王文统与李璮长期秘密沟通，事发后与其子王荛一同被诛。而推荐过王文统的刘秉忠、张易、商挺、赵良弼等人均受到忽必烈怀疑，商挺从关中被急召回都，受到软禁和盘查；赵良弼更是被施以威刑，几乎死于狱中。至于史天泽在济南城下匆忙杀李璮灭口，回朝后则以擅杀自劾，以史天泽、张柔为首的各地世侯军阀纷纷交出手中兵权。忽必烈也担心太过严苛将危及政权之本，便不再深究。

    连年征战，国库匮乏之际，阿合马上疏忽必烈：“太原百姓私自煮盐，越境贩卖者甚多，因其价廉，各地竞相购买，以至解州官盐卖不出去，每年上缴的盐税银子仅七千五百两。请自今年起，盐课增五千两，不问僧道、军、匠等户，均要纳赋。民间通用硝盐，则听其自便。”之后阿合马又上疏：“凡已清查三千户无籍百姓，令其每年上缴铁一百另三万七千斤，以其铸锻农具二十万件，折换成粮食四万石上缴国库。”忽必烈以阿合马奇才，是年秋，罢中书左右部，并入中书，越级任命阿合马为中书平章政事，专任财政赋税诸事，官阶进为荣禄大夫。

    随后，阿合马准备让儿子忽辛出任枢密院佥事，掌兵权。许衡向忽必烈上奏：“治国安邦，唯兵、民、财三者而已。今父已领民、财重位，而子又掌兵权，皇上三思。”忽必烈反问道：“许卿是顾虑阿合马谋反吗？”许衡回道：“那倒未必，但古谋反者，莫不由此始。”忽必烈采纳了许衡的建议，阿合马对他怀恨于心，图谋加害许衡，多亏右丞相安童庇护，许衡才免遭伤害。但没过多久，忽必烈就改任姚枢为大司农，窦默为翰林侍讲学士、许衡为国子祭酒。此后，忽必烈一改对汉儒及汉文化亲近之态，开始有意无意地疏远汉臣。

    至元四年（1267年），忽必烈将开平府升为上都，命刘秉忠着手营建燕京，为新都城的总负责人，阿拉伯人也黑迭儿负责设计宫殿，任命郭守敬担任都水监，修治燕京至通州的运河，并以京郊西北各泉作为通惠河上游水源。中国历史上的游牧民族与农耕民族的冲突与融合，征服和反征服的现象一再重复，游牧民族进入到农耕文明地区以后，就会逐渐被农耕文明从文化上反征服。