基于这一情形，刘秀在赤眉军攻入长安的同时，没有立即同赤眉军发生大规模的正面冲突，而是立即发布诏书，封刘玄为淮阳王，并声称：吏人敢有贼害者，罪同大逆。

    这样，刘秀便将原来倾向于刘玄更始政权的地主豪强势力，争取到自己一边来了，也为赤眉军进入长安后制造了重重困难。

    果然，长安周围的地主武装都对赤眉军的建世政权采取不合作态度，往往聚为营保，各坚守不下，甚至图谋劫出更始皇帝刘玄。

    另一方面，刘秀还派邓禹率领二万精兵尾随赤眉军入河东郡，伺机入关。

    刘秀在完成了这些工作之后，便集中主要力量用来在长安以东构筑防线。

    刘秀派吴汉等人率军扫平了河北地区檀乡、五校、青犊、富平、获索等农民军;

    同时，遣岑彭、景丹等人向洛阳以南的河南、荆州地区推进，更始政权任命的淮阳太守暴汜、宛王刘赐、邓王王常等纷纷投降，豫西地区的众多小股农民武装也先后被削平。

    这样，在赤眉军据有长安的一段时间内，刘秀已完成占领从河北地区经洛阳向南到河南、荆州地区以及豫西地区一线的重大战略部署。

    加上原来已派邓禹占领河东，不但堵住了赤眉军东归的道路，而且形成了对长安的大半个包围圈。

    此时，赤眉军在长安城中并没有充分利用占领首都的优势，稳定秩序，继续扩大战果，而是贪恋京师，论功行赏不休。

    纪律也松弛下来，甚至发展到烧宫室市里，宗庙园陵皆发掘。

    由于赤眉军百万之众固守几经战乱的长安孤城，仅四个月后，建世政权便陷入了军粮严重匮乏的地步。

    为筹集粮草，赤眉军放弃长安，引兵向西，取道南山、鄠县，转向西北的安定、北地一带。

    在那里，赤眉军虽然打败了更始将军严春，终因天寒地冻，加之遇到陇西豪强隗嚣的阻击，战斗力大为削弱，只好返回长安。

    此时，三辅地区经过连年战乱，已是城郭皆空，白骨蔽野了。

    建武二年，只剩下二十余万人的赤眉军只好离开长安，出华阴，准备向东方转移。

    建武三年闰正月，赤眉军行至渑池崤底时，遭刘秀部将冯异伏击，大败而逃。

    接着，赤眉军南下宜阳，陷入刘秀设下的包围圈中。

    饥寒交迫的赤眉军卒突遇伏兵，又逢大雨，措手不及，被刘秀全歼。

    三月，刘秀军占领长安。

    赤眉建政权二年十二月，赤眉军离开长安东归，建武三年正月，刘秀与赤眉军交战于崤山地区，赤眉军被刘秀军击败。

    当赤眉西进，离开长安后，长安城已成无重兵驻守的状态，这时刘秀集团的邓禹军乘机由上郡等地南下，轻而易举地占据了长安。

    当邓禹军未进占长安之前，刘秀即命令邓禹要伺机进占长安，镇慰西京，维系百姓之心。

    但邓禹自觉力量远非赤眉军的对手，故一直迟迟不敢向长安进犯，仍在上郡一带地区征集兵马，屯聚粮草，等待时机。

    赤眉大军一从长安撤出西走，邓禹进占长安的计划，才得以实现。

    邓禹军进占长安后，也发生了一系列的失策行为。

    他不在政治上改进治理长安的措施，没有在军事上加强保卫长安的部署，没有注意对长安及其附近地区更始政权旧部招抚收容，壮大自己的实力。

    而是忙于晋谒汉高祖刘邦的神庙，收汉代十一帝神主，派兵送往洛阳，巡行陵园等封建礼仪琐事。

    从而，使他失去了巩固长安的可贵时机，客观上为赤眉大军重返长安，减少了阻力。

    当邓禹得知赤眉军东返的消息后，邓禹即派兵前去迎击，企图阻止赤眉军重返长安。

    赤眉军于郁夷击败了邓禹军，邓禹慌忙退出长安，入据云阳，赤眉军遂又胜利地进占长安。

    赤眉军由今甘肃、宁夏等地返回长安，势力已较前大减，及至杜陵一战，10万精兵被歼，又极大地削弱了起义军的力量。

    这时三辅地区正遇上大饥荒。

    各地的豪强地主，聚众以为营垒，坚壁清野，以断绝长安的粮食供应，来困扰赤眉军。

    赤眉军无计可施，只得第二次被迫做出撤离长安的决定，东归关东地区。

    于是，赤眉军于建武二年，汉光武帝刘秀二年十二月，共20多万大军离开京师，向东进发。

    刘秀集团在平定河北和河东、河西、河内等地区的同时，对赤眉军的发展动向就极为重视，把自己的战略重点转向对付赤眉起义军，时时注意寻找时战，消灭这支唯一可以与刘秀争夺天下的武装力量。

    刘秀当初派邓禹执行进兵关中，伺机夺取长安的战略行动，由于邓禹军与赤眉军两次作战，两次大败，而没有实现。

    故刘秀不得不于建武二年十一月召回邓禹，以将军冯异代替邓禹执行抢占关中，消灭赤眉的任务。

    刘秀对冯异进占关中对抗赤眉军的基本策略和战略作了详细交待。

    刘秀告诉冯异说:“三辅地区，遭受了王莽更始之乱，又受到赤眉延岑战乱的祸害，百姓的生命财产遭到严重的损失，无人给他们以任何保障，派你去征讨各种叛逆势力，对归附降顺者，把首领集中到长安去，对于他们的部众士卒，则遣送回乡，从事农业生产，并且要毁掉现有营垒，以免他们又聚众割据。“

    同时还告诉冯异，征伐各种势力，不在于略地屠城，主要在于平定他们的势力，妥善地安抚他们。

    刘秀判明了赤眉军东归的情况后，为更顺利地镇压赤眉军，即对邓禹说:“不要与穷寇争锋拼命，赤眉已日渐处于绝境，他们没有粮食，肯定要向东方来，我以饱待饥，以逸待劳，很容易消灭他们，你千万不要轻率与其交战。“

    刘秀为了集中力量对付赤眉军，在其进占洛阳后，针对赤眉军东进，采取了以下部署:破奸将军侯进率军进驻新安地区;

    建威将军耿弁率军进驻宜阳地区;大司马吴汉统率的大军集结于洛阳附近地区。

    这样，刘秀集团对赤眉军的东归，便形成了一个南北待击，中间控制强大机动兵团的极为有利的战略态势。

    刘秀集团参加崤底战役的总兵力，无确切根据可查。

    但依据其各部分的实力推算，大致可以得出上述概略数字:邓禹所部，初入关中为2万人，后来虽有较大发展，但几次战败，损失了一些部队，渡过黄河后大概最多也只能拥有三五万人;

    冯异指挥的魏郡、河内、河南等郡兵马，估计也在4万人左右;

    东路军及其洛阳地区的机动力量，大致约在25万左右。

    赤眉起义军的御史大夫樊崇，丞相徐宣等认为，刘秀集团正忙于建都洛阳，派兵向周围扩张势力，在中原地区脚跟尚未站稳。

    所以，赤眉回军关东遇到的敌对力量很可能不会太大。

    故作出了以下东归作战策划:放弃攻击渭北的邓禹军;

    不再攻击延岑的部队。

    准备打击冯异的西路军;出函谷关后，仍按入关的路线东进，然后往东南方向发展。

    刘秀集团根据赤眉军原先的入关进军路线分析，认为赤眉东归也有可能仍经过颍洛之间。

    于是预先在洛阳、宜阳、新安等地布设了重兵，准备在颍洛地区将赤眉军这股威胁刘秀称帝最强劲的敌人彻底歼灭。

    刘秀集团策划:如果赤眉军走西路，即经过灵宝、新安、洛阳之线，则宜阳的建威大将军耿弁率军驰往新安，与新安驻防军破奸将军侯进部共同攻击赤眉军;

    如果赤眉军走南路，即经过弘农郡、走宜阳，则侯进率新安驻军驰往宜阳，与宜阳的耿弁军共同击灭赤眉军;

    位于洛阳的重兵集团由吴汉、朱祜、杜茂、贾复、坚镡、王霸等统率的六军，和由骑都尉刘隆、马武、阴识等率领的边境突骑部队，准备向两个方向机动支援。

    赤眉起义军于湖城作战胜利后，没有注意招降和收编冯异、邓禹的部队，给了敌人重新收拢集结的机会。

    同时也没有注意休整自己的部队，备足下次作战的粮食。

    作战60多天后，拉着饥饿疲惫的队伍，急急向东方开进，只想早日返回东方，忽略了对前方可能出现的敌人数量及自己的战略策略的研究。

    这就使赤眉起义军，在缺乏政治上、思想上、军事上任何准备的情况下，仓促进入了预想不到的崤底交战。

    汉光武建武三年、赤眉军刘盆子建世三年闰正月，冯异已完成崤底战役的一切准备工作，他命令一部分部队穿上赤眉军的服装，预先埋伏于有利地势，然后派出部队去如期向赤眉军挑战。

    赤眉军樊崇等于拂晓派出1万余精兵，首先与冯异的先头部队交战，双方展开激烈战斗。

    冯异军佯装抵挡不住，这时冯异却只派出很少量的部队前来支援，造成了赤眉军误认为冯异兵少势弱的错觉。

    于是，起义军即出动主力部队，全力向冯异军猛攻。

    冯异军见赤眉军主力投入作战，也随即将自己的主力展开，迎击赤眉大军。

    双方都有一些不同程度的伤亡，战斗持续到午后，赤眉军的攻势逐渐减弱，冯异看到时机成熟，遂命令埋伏部队出击。

    这些伏兵由于穿着与赤眉军相同的服装，而且又来势汹涌，使赤眉军分不清敌我，阵势立即大乱，纷纷向崤底撤退。

    冯异随即挥军向崤底进击，逐渐压缩包围圈，将赤眉军男女8万余人于崤底击破俘获，这是赤眉军自杜陵战役以后，第2次最大的失利，遂使崤底战役成为赤眉军彻底失败的前奏。

    赤眉起义军遭此严重失败，还剩10余万兵力，在樊崇等统率下，急忙向东南方疾走。

    汉光武帝刘秀得知冯异大败赤眉军，十分欣喜，并立即调动重兵堵截围歼赤眉军剩余部队。

    当刘秀得知赤眉军向东南疾走宜阳的情况后，立即亲率汉军主力大军，也向宜阳疾进。

    到达宜阳后，确定了以下的作战部署:前军由大司马吴汉统率，全部为刘秀集团的精锐之师;

    左军是刘秀集团的骁骑部队，由骑都尉刘隆、马武、阴识指挥;右军由大将军朱佑，扬化将军坚镡，偏将军王霸等统率;

    中军这是由刘秀直接控制的机动部队，包括建威大将军耿弇、骠骑大将军杜茂、执金吾左将军贾复等部。

    刘秀集团将兵力部署妥当之后，即严阵以待，等候赤眉军的到达。

    赤眉起义军在崤底失败后，正向宜阳疾走，突然在前进的路上与刘秀的大军相遇。

    这时粮尽力竭的起义军，自感没有可能突破刘秀以重兵布成的阵势，如勉强进行战斗，肯定会遭到无谓的伤亡，于是决定向刘秀投降，遂导致了赤眉农民起义军最后的惨败。

    当时樊崇等派出式侯刘恭为代表，前去刘秀营内谈判投降事宜。

    刘恭见了刘秀说:“刘盆子带领百万之众向陛下投降，陛下如何对待他们?“

    刘秀回答说:“可以免除他们的死罪。“

    于是樊崇与刘盆子及丞相徐宣以下30多大臣将军便开始投降，将汉代的传国玺绶、更始的七尺宝剑等交给了刘秀。

    赤眉军交出了自己的兵甲，堆积起来与雄巍的熊耳山一样高。

    刘秀大军在洛水边上列阵，让刘盆子群臣观看，以向他们示威。

    刘秀对刘盆子等说:“自知当死不?“

    接着又以挑战的傲慢态度对樊崇说:“你不觉得投降后悔吧?我可以让你重新把你的队伍集合起来，咱们正式做一次较量，以便决一胜负，我决不强迫你投降。“

    樊崇没有答话。但丞相徐宣却奴颜媚骨地说:“如若得降，犹去虎口归慈母，诚欢诚喜，无所恨也。“

    至汉光武帝建武三年夏，刘秀以樊崇、逄安继续谋反罪，将他们杀死。

    在与赤眉军在关中激战的同时，刘秀在关东一线亦派遣以虎牙将军盖延为首的诸将对梁王刘永进行了东征。

    刘永，西汉梁孝王刘武的八世孙，其家世代为梁王，据梁地，故在梁地素有威名，声望极大。

    王莽摄政之时，其父梁王刘立因结连平帝外家卫氏，被王莽所杀。

    更始帝立，刘永复被册封为梁王，据旧地。

    后更始政乱，刘永遂据国起兵，以其弟刘防为辅国大将军，招揽沛人周建等豪杰为其将帅，攻下齐阴、山阴、沛、楚、淮阳、汝南等二十八城，并遣使拜董宪为翼汉大将军、张步为辅汉大将军，与共连兵，遂专据东方。

    更始败亡之后，刘永自称天子，在睢阳登基。

    对于刘秀来说，近在东方睢阳的刘永是对其威胁最大的军事集团，刘永所在的睢阳距洛阳近在咫尺，时刻威胁着京师洛阳的安全。

    自建武二年始，刘秀先后派虎牙将军盖延和建威大将军耿弇分别平定了割据睢阳的刘永和青州的张步，特别是耿弇与齐王张步的战斗，极为惨烈，“城中沟堑皆满，八九十里僵尸相属”。

    此间，刘秀还亲征海西王董宪，于桃城之战大获全胜。到建武六年初，关东基本上为刘秀所定。

    自建武元年至建武六年初，经过近六年的东征西讨，刘秀已经基本上控制了除陇右和巴蜀之外的广大中原之地，基本上统一了中国的东方，与西北陇右的隗嚣、西南巴蜀的公孙述形成了鼎足之势。

    建武六年四月，光武帝至长安，告隗嚣将派建威大将军耿弇等七将军从陇西攻蜀。

    隗嚣反对，并派大将王元率兵据陇坻，伐市塞道阻止汉军进攻。

    四月，汉军沿渭北平原翻陇山仰攻陇坻，结果大败。

    王元跟踪追击，幸马武率精骑断后，使汉军得以撤回。

    刘秀留耿弇守漆县，冯异守栒邑，祭遵守沂县，另调吴汉由洛阳西进，在长安集结兵力。

    隗嚣乘胜派行巡攻栒邑，王元取肝县，均被击败。

    时割据河西的窦融已归附刘秀，进攻金城，击破助隗嚣的羌族豪强何封等部，隗嚣腹背受敌。

    隗嚣大将马援也在隗嚣反汉时归附于汉。

    光武帝给其精骑五千，招降隗嚣部属和羌族豪长，从内部分化瓦解隗嚣。

    隗嚣上书刘秀表示亲善，企图以此作为缓兵之计，未遂。即派使向公孙述称臣。

    建武七年春，公孙述立隗嚣为朔宁王，出兵援陇。

    秋，隗亲率步骑三万进攻安定郡，进至阴架。

    另派部队进攻肝县，企图夺取关中，冯异、祭遵分别击败。

    次年春，来歙率军二千，秘密从番须、回中，袭占略阳，威胁嚣所据冀县。

    隗嚣集中精锐反攻略阳数月未克。

    闰四月，刘秀利用隗嚣顿兵坚城、士卒疲惫之机，进兵高平第一城，窦融也率河西步骑数万前来会师。

    汉军分路挺进陇山，招降瓦亭守将牛邯等隗嚣大将十三人。

    属县十六、军队十余万皆降，略阳围解。

    隗嚣率残部逃奔西城。汉军占领天水郡。

    适值农民军余部复起，京师骚动，刘秀赶回洛阳。

    同年十一月，岑彭水灌西城时，隗嚣部将王元、行巡、周宗率蜀援军五千人赶到，从高地反击，汉军措手不及，王元等突入西城，迎隗嚣入冀。

    时汉军补给困难，粮食已尽，各部被迫出陇西。

    隗嚣收拾残部，一时又夺占陇西数郡。

    九年正月，隗嚣死。部众拥立其少子隗纯为王。

    建武八年八月，耿弇、寇恂攻破高平第一城。

    十月，来歙、盖延攻破落门，王元只身逃奔公孙述，隗纯等投降。此战，历时4年，陇西始平定。

    平陇战后，刘秀即从南、北两个方向，对益州的公孙述展开攻势。

    建武十一年三月，大司马吴汉率荆州兵六万，马五千匹，于荆门与岑彭会合，沿长江西上入蜀；

    来歙、盖延率诸军自陇西南下攻河池入蜀。

    南线岑彭军溯江西上，攻克荆门，俘程讯，斩任满，田戎退守江州，彭遂由三峡，长驱直入江关。

    沿途郡县降附，大军直迫江州。

    建武十一年六月，北路来歙军大败王元、环安军，攻破下辨、河池，挺进蜀中。

    公孙述派人刺杀来歙，刘秀乃派将军刘尚继续率军南下。

    江州城固粮多，不易攻破，岑彭遂留兵围困，自率主力直指垫江，攻破平曲。

    公孙述令其将延岑、吕鲔、王元、公孙恢率军拒守广汉、资中，另派侯丹率二万人拒守黄石。

    岑彭留臧宫于平曲拒蜀兵主力延岑，而自率军折回江州，溯江西上，袭破黄石，倍道兼程二千余里，迂回岷江中游，占领武阳，进击广都。

    公孙述派人刺杀岑彭。

    刘秀命吴汉率兵三万赶到前线，接替岑彭指挥。

    延岑是南阳郡筑阳县人，王莽末年，天下大乱，延岑也乘机拉起了一支队伍，攻取了冠军县城，割据自守。

    更始元年二月，绿林军拥立刘玄为帝，刘玄即位之后开始着手平定四方割据势力，派大将军刘嘉率军进剿南阳郡。

    更始元年六月，延岑在冠军县被刘嘉击败，被迫率残部投降。

    更始二年二月，刘玄迁都长安，大封诸王，刘嘉被封为汉中王。

    于是延岑作为部将随刘嘉来到汉中郡，协助镇守汉中郡各县。

    建武二年，更始三年，赤眉军大举进攻更始政权，兵锋直指长安，而更始政权内部又发生了内乱，一时间陷入分崩离析的状态。

    延岑趁机再次起兵，包围了郡府南郑，向汉中王刘嘉发起了进攻。

    一场大战之后，刘嘉不敌，率领残部败走，延岑便占据了汉中郡。

    建武二年二月，延岑在汉中自称武安王，延岑看到形势有利，信心倍增，率军西出，准备攻打武都郡。

    在进兵途中，与更始政权的大将军李宝、张忠相遇，双方一场大战，延岑战败，率部向北退到天水郡。

    屋漏偏逢连夜雨，就在延岑与李宝交战的时候，割据巴蜀的公孙述派手下大将侯丹率军北上，袭取南郑，占领了汉中郡全境。

    失去了老巢的延岑又接连遭到刘嘉、李宝联军的攻击，连吃败仗之后，在秦岭以南无法立足的延岑被迫北逃，他率部取道大散关，翻越秦岭进入关中，抵达陈仓。但刚到陈仓，汉中王刘嘉、功柱侯李宝率领着十余万大军又从后面追来了。

    延岑大惊，急忙率军迎战，延岑率部在散关一带与刘嘉、李宝又大战一场，延岑再次被击败，万般无奈之下，延岑只得再向刘嘉投降。

    刘嘉为了壮大自己的力量就再次收编了延岑。

    不久，赤眉军派遣廖湛率领十八万大军进犯陈仓谷口，前来清剿刘嘉等更始残军。

    刘嘉、李宝、延岑率部死战，斩杀了廖湛。

    随后，刘嘉又命令李宝、延岑率部进驻右扶风，屯扎在杜陵，伺机觊觎长安。

    建武二年九月，赤眉军派左大司马逄安带领十余万人来攻延岑，延岑与李宝合兵在杜陵与之激战，延岑等大败，数万士兵战死，延岑收拾散卒退走。

    突围不成的李宝被迫投降逄安，但他秘密派人告诉延岑回军再战，他将做内应。

    于是延岑回军再战，逄安带领本部人马空营迎击。

    当逄安战疲欲回营休息时，见营中尽树白旗，部下士卒见此大乱，夺路回走，延岑趁机追击，赤眉军死伤十余万，逄安仅与数千人退回长安。

    延岑两次击败赤眉军之后，军威大震，当时关中各割据势力纷纷依附于他。

    延岑就想将关中据为已有，于是他再次背叛了刘嘉，率领本部人马入据蓝田，自立门户。

    延岑大肆招兵封官，将张邯、公孙守、吕鲔、角闳、骆延、汝章等各种地方势力都招徕到自己的麾下，随后又自己任命各地的地方官员，企图长久地霸占关中三辅。

    为了牢牢控制关中三辅，延岑率领汉中流民军主力占据蓝田之后，又派部将王歆占据下邽，芳丹占据新丰，蒋震占据霸陵，张邯占据长安，公孙守占据长陵，杨周占据谷口，吕鲔占据陈仓，角闳占据汧县，骆延占据盩厔，任良占据鄠县，汝章占据槐里，各部互为犄角之势。

    这样，除了东部靠近函谷关的弘农郡大部在刘秀集团控制之下以外，几乎整个关中三辅地区都被延岑的势力所控制。

    在这些投靠延岑的降将之中，张邯、公孙守二人是原绿林军首领。

    吕鲔则是地方民团营堡势力的代表。

    而角闳、骆延、任良、汝章等四人，则是当年跟着邓王廖湛攻打陈仓口败退下来、来不及跟着樊崇东归的那一部分人。

    这些残渣余孽们在被延岑委任之前，他们都自称将军，拥兵多者有万余人，少的也有数千人。

    此后，虽然他们接受了延岑的官职，彼此之间还是相互不服气，时常相互攻击，荼毒一方，给黎民百姓带来了无尽的灾难。