熹平元年（172年）十一月，会稽郡人许昌在句章县造反，自称“阳明皇帝”，和他的儿子许韶招集了数万人马。朝廷派扬州刺史臧旻、丹阳太守陈寅，率军讨伐。

    孙坚这时已是郡司马，招募了千多人奉命讨伐许昌。

    熹平三年（174年）十一月，政府军大破变民，斩杀许昌，平定乱军。

    刺史臧旻向朝廷呈报了孙坚的功劳，于是，孙坚被任命为盐渎县丞，数年后，又相继改任盱眙县丞和下邳县丞。

    孙坚历任三县县丞，所到之处，甚有声望，官吏百姓也亲近顺服。在淮泗三县任职的近十年间，孙坚已有意培植人气名望，同他往来的人，常常达到数百。

    这里有乡里耆旧名人，也有任侠好事的少年。孙坚对他们，像对待子弟亲友一样。接待抚养，尽心尽力。

    中平元年（184年），黄巾首领张角在魏郡起事。由于这次起义八州并发，所以来势迅猛，起义火焰很快燃遍了整个中原地区。百姓风起响应。起义军所到之处，焚烧郡县官府，处死地方官员。官吏豪强抱头鼠窜，刘氏江山摇摇欲坠。

    在三十六方一旦俱发的起义声威面前，东汉统治者惶恐不安。他们调动一切力量，对起义军进行镇压。车骑将军皇甫嵩、中郎将朱儁奉调围剿威胁洛阳的黄巾军波才部。朱儁奏请孙坚担任佐军司马。孙坚把他的家眷都留在九江郡寿春县[9]，在淮、泗一带招募了一些士兵，加上跟随他在下邳县当差的同乡少年，共得精兵一千人。此后，孙坚便率领这一千多士兵，随朱儁南征北战。

    朝廷派兵镇压，中郎将朱儁带军，表请孙坚为佐军司马，众多少年听说后皆愿跟随，孙坚得千余人，与朱儁并力攻敌于宛城，他身先士卒，率先登城，遂以军功封别部司马。

    他在作战中特别英勇，有一次他乘胜追击，不慎受伤坠地，躺在草丛之中。

    当时部队人员分散，大家打着打着找不到孙坚了，只见其马跑回营来，原地呼叫。众人随马寻踪，这才在草丛里找到受伤的孙坚，将其扶回营帐休息，几天后伤好一些，他便继续作战去了。

    当时孙坚在自己家乡吴郡招募乡勇，号称“淮泗兵”，而后每战必身先士卒。攻打重镇宛城时，孙坚亲自上阵，率先登上城墙，为攻城队伍开辟通道;

    西华野战时，孙坚部受创，孙坚本人也被敌军挑落马下，临危之际他只能躲在野草里自求多福，也是孙坚命不该绝，他的坐骑颇通人性，跑回营地后蹬地悲鸣，将士们跟着战马才一路找到了孙坚，此战孙坚身负重伤，但是才不过短短休息了十几天就立马再次出战，在整个平定黄巾起义的过程中，孙坚这种九死一生、命悬一线的次数估计数不胜数!

    正是因为孙坚在平定黄巾之乱中悍不畏死的优异表现，他的直属上司朱儁在战后特地向东汉朝廷为孙坚请功求赏，朝廷也升任孙坚为别部司马!(别部司马是大将军的直属将官，直辖一部兵马。)