在四代火影牺牲后，木叶高层与一众上人一起讨论着选择合适的火影继承人，在奈良鹿久提出由水门的后一代忍者继位。但转寝小春认为他们的经验还不足以领导众人，这时的志村团藏想毛遂自荐。结果袁飞日斩挺身而出，自愿担此重任，随后得到了水户门炎转寝小春等众人的支持，团藏不满，而袁飞日斩表示在培养出第五代之前，自己只是过渡而已。

    心生不满的团藏，而后找上卡卡西。他将水门和玖辛奈的牺牲都归罪于三代，而且一直倡导和平主义的三代，也是导致带土和林牺牲的罪魁祸首，被团藏的一番蛊惑之后，卡卡西对三代也是心生怀疑和憎恨，于是卡卡西开始叛变，他为团藏带去了保护三代去大名府任务的计划书和情报。

    在登的总部，卡卡西突然遭到一个会木盾的根成员袭击。木遁～大树林之术卡卡西也是出来切准备出击藏出现及时叫停，收到情报后的团藏欣喜不已，终于有机会可以解决到300对根组织中会使用木盾的忍者，让卡卡西非常在意。

    于是他决定潜入木叶资料库中去调查关于木盾的资料，而木叶历史以来会木盾的就只有初代火影，千手出金而已，这时三代突然出现，他将关于木盾的资料拿出来让卡卡西查看，并告诉卡卡西物业曾经为了复活木盾之术。

    愿成为试验品的忍者进行铸件细胞的植入最终却全部以失败告终最后这项实验也被作为技术被封印然而在近些年不断出现忍者失踪更可怕的这失踪更可怕的是在周边村子还频繁发生婴儿的失踪案，有人还在用婴儿进行细胞的实验，三代还表示如果木有木遁忍者的话，四代可能就不需要牺牲了，想跟组织的忍者，这也突然让卡卡西幡然醒悟。

    这边团藏准备安排跟成员被前往大名府的三代进行刺杀行动，出发途中跟成员已经提前埋伏，接着按部两班人马开始进行对战，这边路盾忍者出现在三代面前，他使出木遁之术，四穿三代的身体，结果只是替身术，而这个三代也是卡卡西所变故，盾忍者接着出招，卡卡西也使出了一些千鸟配合写轮眼的能力，穿对方的招式破解木遁之术将其击倒，而卡卡西也准备放掉木忍者。并表示在日后物业会用到他的目的能力，在火影办公室还藏以为计划成功，开始坐上火影的位置，享受其中的喜悦。

    固然三代出现，他表示还好，有人幡然醒悟自己才保住了性命。除了性命，刺杀火影可是死罪，但三代火影出于大局考虑，打算赦免了这次的刺杀主谋，并希望这个主谋在日后能为木叶尽心尽力。事后卡卡西在与三代的谈话中得知水门在生前为了解除卡卡西的心结，还安排他去了暗部，但是得其反水门十分后悔，而三代则建议让卡卡西去做玖辛奈的护卫工作。

    去希望见证生命的诞生，或许能让卡卡西抚平伤痛，而水门牺牲后三代本想让卡卡西脱离暗部。但三代目前还需要卡卡西的协助，解开心扉后的卡卡西也决定继续作为暗部来辅佐三代。

    团藏再次来到大蛇丸的实验基地，他们之间的事在三代那边可能已经暴露了，先暂时不要联系，然后不久大蛇丸的研究基地已经被三代发，现在面对着眼前的爱徒，三代无法痛下杀手，于是将其放走，而此时的团藏也料想到会是这种结果，并开始让木遁忍者甲去途中解决掉大蛇丸逃出基地的车上了，已经等后多时的卡卡西，两人开始正面对战。

    卡卡西出千鸟，大蛇丸轻松躲过运用进行反击，而卡卡西也跳起躲过，接着卡卡西被大蛇丸一机割开。暗部面具卡卡西洛版，这时大蛇丸先是称赞卡卡西的写轮眼还不错。但自己不需要冒牌货，就这样，大蛇丸错过了拥有带土神威力量的行为，就在这关键时刻，三代提前安排好的起爆符在蛇口中成功引爆，大蛇丸被炸成重伤，面对大好时机，但是此刻的卡卡西却被大蛇丸的气势给镇住而不敢阻拦，被清出一身冷汗后卡卡西恢复斗志。

    但大蛇丸已经无影无踪，现在木叶上下的首要任务就是阻止受到重伤的大蛇丸逃出火之国，派出众多暗部开始追捕。这时团子开始调侃调侃三代居然如此疼爱自己的徒弟，自己也会为了木叶不遗余力帮助三代拿下大蛇丸葬安排甲来到一库里一族的住所，并表示是来帮助大蛇丸逃出火之国的，此时的雪剑却认为假是自己的弟弟，天葬一不理一族的能力是可以将身体化作烟雾，但由于无法稳定控制这种能力遭到风吹就会消散的弱点，这导致族人们大量死亡。

    在大蛇丸的咒印帮助下，他们变得稳定，寿命得以延长，红死族人，并对大蛇丸还有感恩之心，而大蛇丸表示需要孩童进行实验，还能继续帮助他们，于是天葬就这样被大蛇丸带走，听着雪见被天葬的思念，也唤起了假痛苦的记忆，因为他曾经也是大蛇丸的实验体，而自己身边的孩童以一个失败而走向死亡，最后只剩下自己和一个女孩，假心里也终于感到一丝温暖，来到最后女孩也不能幸免，就这样死在自己的面前。

    受伤后的大蛇丸正在慢慢赶往一部里一族的住所，因为只有他的血才能让大师王恢复，而正在四处搜捕着大蛇丸的卡卡西，首先来到伊布里彝族这里看见是木叶的暗部不太率先出击，他单手掐住卡卡西的脖子，卡卡西用雷切摆脱了，接着一群人开始围攻卡卡西，随后不太变成烟雾，从鼻孔进入到卡卡西的体内，控制着对方的行动，这个棘手的能力让卡卡西痛苦男人，而且突然出现解救了卡西，他也获取暗部情报为由，将卡卡西绑起来，准备上演一出苦肉计，在族人放下戒备离开之时，甲放下卡卡西。

    并告诉他把村子放在首位的团长，真正目的也是为了阻止大秃头事情败露后，他们都受到了彝族人的围攻，陷入绝境之时，雪剑挺身而出，他不允许任何人伤害天葬，他化成烟雾将二人救出困境，记得学姐进入你的身体里，准备去感受阳光之下的世界而这边国泰已经追上了被遗留下的卡卡，西两人再次进行对战，这次改为刀法比拼，双方打的不分秋色塔气看着机会一刀开抢组长的手，虽然刀被砍掉，但组长的烟雾能力很快复原，卡卡西撤出数万，最终还是跑出去与卡卡西接着战斗。

    组长再次化成烟雾进入卡卡西的身体，不料确实隐身，卡卡西从上面一刀还向自己的分身不太及时逃脱，突然身侧非得进了恐怖。烟雾不料此时刮起风不太瞬间，等下临死之际，嘴里还碎碎念的，只有些年轻的血才能救大蛇丸，这边雪剑和甲来到了一个小镇上，雪剑也跑了出来，感受着街道上的气氛，并利用烟雾能力进入别人的身体，却是各种自己没吃过的食物，接着他进入到大胃王的比赛中，继续暴食并成功拿下奖杯，就这样二人愉快的度过了一天中美好的时光，在雪见准备想和甲一起逃走之时，卡卡西出现，他告诉假要想抓住大神丸，必须得一张血剑，用它当诱饵才能引出大蛇丸，而甲决定放弃任务，他一把抱住血剑逃走，并表示自己叫天葬，在与雪姐的相处中，他想起当初被做实验品时的那个陪伴。看到最后的女孩，她不想再一次失去。