其实孙传庭对于大明来说其最大的价值不仅仅体现在他的军事才能上，还体现在他的政治才能和整治乱世的思路上，他的很多施政措施，对于当时来说都都无异于救世良方。

    在崇祯九年五月，孙传庭赴任陕西巡抚，镇压农民起义时，当时陕西局势对明王朝非常不利，用孙传庭的话来讲就是“履极难之地，肩极重之担，当极敝之时”。此前十余年间，陕西巡抚七易其人，无一圆满卸任、回朝复命。为了避免重蹈覆辙，整顿陕西军务成为孙传庭的当务之急。

    当时的秦军有西安前、后、左、右四卫，兵额24000名左右。但由于大量军队屯田被豪强地主兼并，所以实际兵额远不及此数，剩下的又大多被陕西三边总督洪承畴带走，此外还有一些不听使唤的兵痞，孙传庭基本无兵可用。朝廷遂从洪承畴麾下抽调甘军2000人隶属孙传庭，但这些士兵战斗力低下，也不经用。于是孙传庭决定组建一支标兵（督抚亲兵），他任命陈继泰为赞画主事，负责标兵事宜，在陕西募集了标兵3000人，再加上明廷提供的民兵和屯兵2000人，孙传庭在陕西巡抚任内“练就边兵五千人”。孙传庭将其麾下标兵分为中营、前右营、后左营、新营，四营内设有副将、游击、参将、中军、都司、守备、千总等职官。他治军极严，有些标兵难以忍受，以致在崇祯十年正月十八日发生孙传庭麾下标兵许忠、刘应杰掀起的“蓝田兵变”，不过崇祯帝并未怪罪孙传庭，还将入卫的4000川军拨给孙传庭统领。

    除了练兵以外，孙传庭还大力“清屯”，即清理被豪强地主侵吞的屯田，以充实军饷。崇祯帝只拨给他六万两饷银，其余自筹，所以孙传庭就在清查西安三卫（右卫隶秦王府，故不在清查范围内）的屯田上下工夫。孙传庭在崇祯九年十一月发布清屯告示，呼吁陕西士绅考虑“虏、寇交讧、兵单饷匮”的现状，上报原属国家的军屯，否则严加治罪；另一方面，他派西安理刑官大力清查隐占屯田，力求符合洪武年间的标准。不过孙传庭并未要求退还已经侵占的屯田，而是允许其继续耕种，但要向官府缴粮，上等田每顷18石、中等田每顷15石、下等田每顷12石，每粮1石折银7钱。到他卸任时，一共清理出折色银45万余两，本色米麦豆约5万石，此外还清理出屯兵12000人，可谓成果丰硕，因而得到崇祯皇帝的嘉奖，并指示其他巡抚以孙传庭为榜样，“真心实事为法”。

    除了练兵清屯，孙传庭还在陕西巡抚任上整顿吏治、赈济灾民、促进商业、修筑堡垒，使陕西军务大为起色。

    由于孙传庭在陕西的一番经营，他从缺兵乏饷的窘况中走出，对农民起义军的威慑也大幅上升，因此对义军取得了不俗的战绩：

    崇祯九年七月，在黑水峪之战中俘获实力最强的军首领闯王高迎祥；

    崇祯十年三月，孙传庭击溃兵力最多的农民军首领拓养坤（蝎子块），迫使其亲率大小头目十二人投降（不久拓养坤因试图逃跑而被孙传庭诛杀）；

    崇祯十一年春夏，孙传庭击败农民军首领张天琳（过天星），迫使其在宝鸡投降；

    崇祯十一年八月，孙传庭领兵出潼关，迎战试图进入陕西的罗汝才（曹操）等十三营，在豫西山区将其击溃寇，擒斩千余；

    崇祯十一年十月卸任前夕，孙传庭总结其两年多的战绩“荡平大寇闯王、蝎子块、混天星、过天星、整齐王、张妙手、瓦背、镇天王、一条龙、大天王、米闯将、火焰斑、就地飞、刘秉义、一朵云等一十五股，而悍贼土寇及窃发零逞之余孽不与焉”，由此他成为崇祯年间第一位圆满卸任的陕西巡抚。

    后世对孙传庭的评价:

    在明朝末年，孙传庭可称得上是一个有勇有谋的能臣。但是，他却不能救大厦于既倒，甚至连自己的身家性命也无法保全。孙传庭的悲剧实际上是明王朝的悲剧，是崇祯帝的悲剧。崇祯帝生性多疑，用人不专，孙传庭未尝一败却被投入监狱。待天下糜烂不堪时，又将他从狱中放出，但又不能对他推诚任用。他的计划得不到认真推行，只是不愿再入监狱而勉强出关，终致大败……明清之际的许多史书大都为孙传庭感到惋惜。

    咱们再回到潼关，督师府大堂，身着正二品小团花锦鸡官服，端坐在堂上。他身材高大，四方大脸颌下一副美髯，眼圈深陷，显是长期熬夜所致，虽略显忧容却不失威严，长时间的指挥大军征战中，已经养成了一种不怒自威的威势出来。

    左下首坐着一人，面容清瘦，头发与颌下胡须已经半白，但却精神矍铄，两眼炯炯有神，皮肤白皙，虽经历沧桑却不改从容淡定。此人正是吴又可。

    吴又可名有性，字又可，号淡斋。江苏吴县人。一生从事中医传染病学研究，著有瘟疫论一书，阐发了传染病病因学说。明末清初，连年战争，灾荒不断，各种传染病不断流行。在崇祯十四年他59岁，江苏、河北、山东、浙江等省，时疫流行甚剧，他家乡吴县一带也不例外，当时连年瘟疫流行，一巷百余家，无一家仅免；一门数十口，无一口仅存者。”这“千村辟历人遗失，万户萧疏鬼唱歌”的悲惨凄凉景象，使他感慨不已，愤然冲破习惯势力的桎梏、废弃仕途，不应科举，走上了研究医学的道路。

    他遇到的当务之急，首先是“流行病”。他刻苦钻研前人及民间有关传染病的治疗经验，不怕传染，不辞辛苦的在病区、病家为患者诊治疫病。经过一段时间的钻研和临床实践，他渐渐体会到以仲景之伤寒学说来论治当时流行的一些疾病，收效甚微，有时甚至事与愿违，遂产生了另创新路，以提高疗效的想法。他推究病源，创立“戾气”说，并根据自己的临床经验，逐渐形成一套温热病的论治方案，提高了疗效。并将这些经验，经过整理，著成《瘟疫论》一书。自此，不但瘟疫证治，有绳墨可循，而且又将温热与瘟疫，逐步合为一家，充实了中医学关于传染病的内容。

    吴又可游医民间，治愈了很多传染病患者，其中包括一些疑难大症，且往往是出奇制胜。有一次，他治疗一位传染病患者，大便不通，脘腹胀满，疼痛难忍，四肢强直不能动，卧如塑，目闭口张，舌强，问话不能答，脉实有力，苔生芒刺。根据证候，是一派实热象，病情危重。据患者儿子代诉，三日来已服承气汤三剂，每剂大黄用至一两左右，病仍不减。一般医家，遇到此况，一定会考虑另立治法的。然而，吴又可则不然，他仔细权衡了患者的脉症，认为“下证悉具，药轻病重也”，不但不改方剂，反而将方中大黄增至一两五钱，连服半月而痊愈。吴氏用药之妙，可见一斑。

    《瘟疫论》，成书于崇祯十五年，全书共二卷。阐述瘟疫的发生是由：“戾气”，从口鼻侵入人体，伏于募原，其邪在半表半里之间，其传变有九，并提出一整套辩证施治法则。

    吴又可此次路过潼关附近，听闻潼关大军内有瘟疫，便迅速赶至军中自荐抗疫，他建议孙传庭用细纱布护住军士口鼻，将染病军士及与染病军士有过接触的其他军士分别隔离，不使疫病进一步传播，将已染病而亡的军士尸体火化焚毁，以杜绝疫情死灰复燃，同时配制汤药“达原饮”为染病军士治疗，“达原饮”是吴又可自制汤药对于预防鼠疫有较好效果，但是对于已经发病的军士来说治愈率还不是很高，所幸的是，军中刚一发病吴又可就赶到了，所以这次军中疫情被很快扑灭。

    本来，吴又可想着留下来继续为附近百姓治疗瘟疫，但是孙传庭却提出让他迅速进京抗疫，吴又可一开始反对，认为在哪里都是治病救人但是后来考虑到此处正处于战乱中心确实不适合在这里实施抗疫，也就同意了孙传庭的建议。

    大堂之上，孙传庭与吴又可刚刚饮完送行宴，宴席撤下小座话别。

    孙传庭抚须沉吟片刻，缓缓说道:

    “先生此去京师怕因战乱频仍道路难行，耽误了行程，正好我欲派弟子去京师送信，先生便于我之弟子同行如何？”

    吴又可略一欠身，双手抱拳道:“草民深知京城安危关我大明国运，定竭尽全力协助京师抗疫，请督师勿忧，草民愿听督师调派。”

    哈哈，哈哈，孙传庭爽朗的笑，声若洪钟，旋即对右首下座的中年文士说:“冯容，我让王承嗣、孙剑带50勇士随你入京，你们多带马匹草料与吴先生一起极速入京，办好我交代的事，圣上命我本月出兵，我不能拖延太久，若无尔等消息，我意八月初一出兵。”

    顿了一下，又思考了短瞬，又说:“若此事不遂，我必亡矣，尔勿回此，归乡安生度日即可”。

    说罢，长叹一声，旋又大笑道:“时也，命也，但听天命罢了”。

    冯容一揖到地:“学生定竭尽全力，还望恩师保重”

    孙传庭点点头，手拿起桌上茶盏，抬眼望向吴又可道:就不留吴先生了”

    吴又可也站起身来一揖到地:“草民告辞，回去收拾一下即刻与冯先生进京”。