董卓任命他的弟董为左将军，倒子董璜为中军校尉，都执掌兵权。他的宗族及亲戚都在朝中担任大官，就连董卓侍妾刚生下的儿子也都被封为侯爵，把侯爵用的金印和紫色绶带当作玩具。董卓所乘坐的车辆和穿着的各种衣饰，都与皇帝的一样。他对尚书台、御史台、符节台发号施令，尚书以下的官员都要到他的太师府去汇报和请示。他又在地修建了一个巨大的堡坞，墙高七丈，厚也有七丈，里面存了足够吃三十年的粮食。他对自己说：“大事告成，可以雄据天下；如果不成，守住这里也足以终老。”董卓性情残暴，随意杀人，部下将领言语稍有差错，就被当场处死，致使人人自危。司徒王允与司隶校尉黄琬、仆射士孙瑞、尚书杨瓒等密谋除掉董卓。中郎将吕布精于骑射，力气超过常人。董卓知道自己待人寡恩无礼，害怕遭到暗害，无论去什么地方，都常常让吕布做自己的随从侍卫，对他十分宠信，发誓说情同父子。但是董卓性情刚愎，曾经为了一件不合自己心意的小事，拔出手戟掷向吕布。吕布身手矫健，避开手戟，又和言悦色地向董卓道歉，董卓才息怒作罢。吕布从此暗中怨恨董卓。董卓又命吕布守卫中，吕布乘机与董卓的一位侍女私通，越发心中不安。王允一向待吕布很好。吕布见王允时，主动说出几乎被董卓所杀的事情，于是王允将诛杀董卓的计划告诉吕布，并让他做内应。吕布说：“但我们有父子之情，怎么办？”王允说：“你自姓吕，与他本没有骨肉关系，如今顾虑自己的生死都来不及，还谈什么父子！他在掷戟之时，难道有父子之情吗！”吕布于是说好吧。

    夏季，四月，丁巳（疑误），献帝患病初愈，在未央殿大会朝中百官。董卓身穿朝服，乘车入朝。从军营到皇宫的道路两侧警卫密布，左侧是步兵，右侧是骑兵，戒备森严，由吕布等在前后侍卫。王允命士孙瑞自己书写诏书交给吕布。吕布让同郡人、骑都尉李肃与勇士秦谊、陈卫等十余人冒充卫士，身穿卫士的服装，埋伏在北掖门等待董卓。董卓一进门，李肃举戟刺去，董卓内穿铁甲，未能刺入，只伤了他的手臂，跌到车下。董卓回头大喊：“吕布在哪里？”吕布说：“奉皇帝诏令，讨伐贼臣！”董卓大骂说：“狗崽子，你胆敢如此！”吕布没等董卓骂完，就手持铁矛将他刺死，并催促士兵砍下他的头颅。主簿田仪及董卓的奴仆扑到董卓的尸前，又被吕布杀死，共杀了三个人。吕布随即从怀中取出诏书，命令官兵们说：“皇帝下诏，只讨董卓，其他人一概不问。”官兵们听后都立正不动，高呼万岁。百姓大街道上唱歌跳舞，以示庆祝。长安城中的士人、妇女卖掉珠宝首饰及衣服，用来买酒买肉，互相庆贺，街市拥挤得水泄不通。董卓的弟弟董、董璜以及留在坞的董氏家族老幼，都被他们的部下用刀砍死，或用箭射死。董卓的尸体被拖到市中示众。当时天气渐热，董卓一向身体肥胖，油脂流到地上，看守尸体的官吏便作了一个大灯捻，放在董卓的肚脐上点燃，从晚上烧到天亮，就这样一连烧了几天。受过董卓迫害的袁氏家族的门生们，把已被斩碎的董卓尸体收拢起来，焚烧成灰，所撤在大路上。坞中藏有黄金二三万斤，白银八九万斤，绫罗绸缎、奇珍异宝堆积如山。献帝任命王允主持尚书事务；吕布为奋威将军，假节，礼仪等待遇均与三公相等，封温侯，与王允一起主持朝政。

    董卓被杀时，左中郎将、高阳侯蔡邕正在王允家中作客，听到这一消息后，为之惊叹。王允勃然大怒，斥责说：“董卓是国家的大贼，几乎灭亡了汉朝王室的统治。你是汉朝的大臣，应当同仇敌忾，而你怀念他的私人恩惠，反为他悲痛，这岂不是与他共同为逆吗！”当时就将蔡邕逮捕，送交廷尉。蔡邕承认自己有罪，说：“虽然我身处这样一个不忠的地位，但对古今的君臣大义，耳中常听，口中常说，怎么会背叛国家而袒护董卓呢！我情愿在脸上刺字，砍去脚，让我继续写完《汉史》。”许多士大夫同情蔡邕，设法营救他，但没有成功。太尉马日对王允说：“蔡伯喈是旷世奇才，对汉朝的史事典章了解很多，应当让他完成史书，这将是一代大典。而且他所犯的罪是微不足道的，杀了他，岂不使天下士人失望！”王允说：“从前武帝不杀司马迁，结果使得他所作的谤书《史记》流传后世。如今国运中衰，兵马就在郊外，不能让奸佞之臣在幼主身边撰写史书，这既无益于皇帝的圣德，还会使我们这些人受到讥讽。”马日退出后，对别人说：“王允的后代大概要灭绝！善人是国家的楷模，史著是国家的经典。毁灭楷模，废除经典，国家如何能够长久？”于是，蔡邕就死在狱中。