所谓六部长老，是太一门在第一次证道之战瓦解了残余的神歃盟王权势力，接管天下时成立议会六部制度后设立的。天下之事决策审议由六部长老和掌教真人成立议会决议，掌教真人拥有最终决策权，六部长老是除了掌教真人以外地位最高的。长老管理的六部总枢分别负责监督执行对各自所辖区域事务的决策。原本每部下有六派，负责直接执行所属一部长老下达的指示。

    六部分别是户部，司天下万民生计、民政、土地、户籍、工商业管理等乃是太一门中最重要的一部，是太一门的根基所在，由天机真人姜宝谊执掌。

    贤部，掌管太一门挂名弟子资质认定，负责组织太一门所有弟子选拔，考评、请封弟子、供奉收缴发放、掌门人升赏提名，对太一门上下供奉发放制定考评按劳分配以及主导其他人事相关的事务。现由已逝的天权真人真传弟子李长青出任长老。

    法部，负责主管太一门乃至民间所有的刑法政令的制定、执行、监察、刑狱等工作。法部长老狄杰修为精深，处事雷厉风行，干练狠辣，深受太一门弟子敬畏，是第四代弟子中资历最老的前辈，也是同辈弟子中的翘楚，其授业恩师正是那唯一羽化登仙的琳琅仙子。

    工部，司掌天下工程、锻造冶炼、灵脉、矿产、水利、医药等行业。是太一门中综合实力最雄厚的一部，太一门核心技艺尽在其掌握之中，现任长老是天灵真人的师弟天枢真人柳云龙。

    灵部，负责各项太一门及俗世中所有灵宝、法器、功法收集鉴定安排配发工作，著有灵宝录定期对灵宝法器功法等进行排行。除此之外灵部还掌管太一门中所有物资管理供应调配、以及紧急事件应急处理工作。现由四代弟子韩琦担任长老。

    礼部，主要负责资质鉴定，兴学，礼乐和规范约束太一门下属各管理俗世的组织。也负责礼乐、占卜、祭祀，教育以及对世人宣贯太一门普世理念（这句话理解为控制着新闻媒体舆论等）等工作。现由先代太一门掌教真人辛坦夫之子辛莫愁出任长老。有点特殊的是曾属礼部负责卜易见长的归藏派，因为有一门可以还原事实真相的宗门传承颇受法部器重，后归直属于法部调遣，所以实际上礼部只有五派，而法部实际上有七派。单论武力优劣法部最强毫无争议。

    其实太一门还有第七部，就是直属掌教真人管理的太一门天元山总部枢纽，由抽调的六部精英组成，可以直接介入太一门所有事务。太一门弟子全民皆兵，并未设置军事部门，算起来由掌教真人管理的天元山总部枢纽可以算太一门的兵部，由掌教真人中央集权发号施令。